MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Yersinia pestis Antiqua plasmid pMT

Total Repeats: 294

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008120	AACG	2	8	6	13	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_008120	TGG	2	6	1915	1920	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008120	CGT	2	6	1946	1951	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008120	TGA	2	6	1960	1965	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008120	TA	3	6	2000	2005	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008120	CTAC	3	12	2011	2022	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_008120	CCAA	2	8	2712	2719	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_008120	AT	3	6	2754	2759	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008120	A	6	6	2919	2924	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008120	ACTT	2	8	5869	5876	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_008120	AAAG	2	8	5891	5898	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008120	CTT	2	6	11184	11189	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_008120	TTC	2	6	13258	13263	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008120	ATA	2	6	13305	13310	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008120	CAG	2	6	18555	18560	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_008120	AG	3	6	18993	18998	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008120	TA	3	6	19835	19840	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008120	AAT	2	6	21129	21134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008120	GGC	2	6	22431	22436	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_008120	GCC	2	6	22440	22445	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_008120	TTAC	2	8	23173	23180	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_008120	TTTCC	2	10	26529	26538	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_008120	TAGG	2	8	26544	26551	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008120	AAC	2	6	28501	28506	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_008120	TA	3	6	28585	28590	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008120	TAA	2	6	28593	28598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008120	TA	4	8	28612	28619	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008120	TA	3	6	32076	32081	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008120	TACT	3	12	32084	32095	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_008120	ATA	2	6	32096	32101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008120	TAA	2	6	35006	35011	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008120	TTA	2	6	35026	35031	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008120	AT	3	6	35087	35092	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008120	ATTT	2	8	35116	35123	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008120	GAA	2	6	35176	35181	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008120	T	8	8	35184	35191	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008120	A	6	6	35202	35207	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008120	ATAA	3	12	35268	35279	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008120	ATTTT	2	10	36027	36036	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008120	T	6	6	36033	36038	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008120	AGT	2	6	36141	36146	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008120	CGA	2	6	36147	36152	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_008120	GC	3	6	36195	36200	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NC_008120	AAAAAT	2	12	36272	36283	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008120	TCC	2	6	36289	36294	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_008120	TTG	2	6	36868	36873	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008120	A	6	6	36991	36996	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008120	ACCT	2	8	37035	37042	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_008120	TCT	2	6	40470	40475	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_008120	AAC	2	6	41661	41666	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008120	ACA	2	6	41671	41676	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008120	AGA	2	6	41683	41688	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008120	TAAG	2	8	41722	41729	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008120	CGTCA	2	10	41783	41792	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_008120	CAG	2	6	41825	41830	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_008120	GCTTAT	2	12	41891	41902	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_008120	TAT	2	6	41961	41966	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008120	T	7	7	41976	41982	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008120	CGG	2	6	42082	42087	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008120	G	6	6	42140	42145	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008120	CCTG	2	8	42151	42158	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
62	NC_008120	A	6	6	42190	42195	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008120	TAT	2	6	43099	43104	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008120	TCT	2	6	43158	43163	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_008120	ACT	2	6	43168	43173	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_008120	TC	4	8	43184	43191	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_008120	TCGT	2	8	43264	43271	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_008120	GCC	3	9	43298	43306	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_008120	ATT	2	6	44132	44137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008120	AAT	2	6	44152	44157	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008120	AG	3	6	44167	44172	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008120	AGA	2	6	44180	44185	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008120	AG	3	6	44276	44281	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008120	ATA	2	6	44283	44288	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008120	CT	3	6	44312	44317	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_008120	AGG	2	6	44348	44353	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008120	AT	3	6	44415	44420	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008120	GTTT	2	8	44443	44450	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008120	CCA	2	6	44451	44456	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_008120	CA	3	6	44455	44460	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_008120	AG	3	6	44638	44643	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008120	ACCA	2	8	44668	44675	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_008120	AG	3	6	44680	44685	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008120	TGA	2	6	44721	44726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008120	CCA	2	6	44756	44761	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_008120	AG	3	6	45868	45873	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008120	AAC	3	9	45943	45951	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_008120	AATG	2	8	45992	45999	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008120	CT	3	6	46070	46075	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_008120	GTT	2	6	46246	46251	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008120	TGAA	2	8	46257	46264	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008120	CT	3	6	46275	46280	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_008120	CAC	2	6	46305	46310	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_008120	CG	4	8	46382	46389	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
95	NC_008120	TGGT	2	8	46412	46419	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008120	TA	3	6	47166	47171	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008120	TTG	2	6	47474	47479	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008120	TTAT	2	8	47488	47495	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008120	GCC	2	6	49058	49063	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_008120	AGCGC	2	10	49091	49100	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_008120	TCAT	2	8	50246	50253	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_008120	CTT	2	6	50260	50265	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_008120	TTG	2	6	50339	50344	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008120	ATA	2	6	50348	50353	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008120	A	6	6	50361	50366	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008120	ATA	2	6	51467	51472	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008120	AGTA	2	8	51473	51480	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008120	TA	3	6	51483	51488	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008120	CGAG	2	8	54978	54985	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_008120	ATA	2	6	54990	54995	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008120	TACT	2	8	55002	55009	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_008120	ATC	2	6	55011	55016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_008120	GAAA	2	8	55500	55507	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008120	GAAG	2	8	55526	55533	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008120	GGGGT	2	10	55541	55550	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008120	TGA	2	6	55559	55564	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008120	GGA	2	6	55670	55675	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008120	TGGGTT	2	12	55738	55749	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008120	CAG	2	6	55751	55756	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_008120	GCTGC	2	10	55782	55791	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_008120	CAC	2	6	55819	55824	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_008120	A	6	6	55921	55926	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008120	TAG	2	6	55927	55932	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008120	GCC	2	6	55948	55953	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_008120	CCG	2	6	56572	56577	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_008120	TGG	2	6	60649	60654	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008120	AG	3	6	60712	60717	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008120	TCGT	2	8	61996	62003	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_008120	TA	3	6	62015	62020	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008120	AT	3	6	62022	62027	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008120	AGTA	2	8	62038	62045	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008120	CCA	2	6	63967	63972	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_008120	TTA	2	6	66411	66416	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008120	TG	3	6	66435	66440	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008120	TAGG	2	8	66491	66498	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008120	TCATA	2	10	66721	66730	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_008120	TAC	3	9	66764	66772	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_008120	GAAA	2	8	66896	66903	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008120	TTA	2	6	66980	66985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008120	CACT	2	8	68477	68484	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_008120	A	7	7	68656	68662	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008120	GCT	2	6	68682	68687	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_008120	TTG	2	6	68688	68693	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008120	GAT	2	6	68704	68709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008120	CTC	2	6	68726	68731	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_008120	GAAA	2	8	68750	68757	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008120	AGGG	2	8	68767	68774	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008120	ATT	2	6	68791	68796	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008120	TAA	2	6	68801	68806	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_008120	A	6	6	68805	68810	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_008120	AAC	2	6	68821	68826	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_008120	AAT	2	6	68841	68846	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_008120	AAT	2	6	68862	68867	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_008120	A	7	7	68931	68937	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_008120	ATA	2	6	68948	68953	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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157	NC_008120	CT	3	6	69023	69028	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
158	NC_008120	TAT	2	6	69046	69051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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160	NC_008120	ATA	2	6	69198	69203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_008120	CCT	2	6	69206	69211	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
162	NC_008120	TAT	2	6	69217	69222	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_008120	AAT	2	6	69760	69765	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_008120	CCT	2	6	73136	73141	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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171	NC_008120	CTTG	2	8	73310	73317	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
172	NC_008120	TAT	2	6	73430	73435	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_008120	A	6	6	74465	74470	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_008120	AGCC	2	8	74503	74510	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
175	NC_008120	CGC	2	6	74520	74525	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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184	NC_008120	A	7	7	76056	76062	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_008120	A	6	6	76132	76137	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_008120	GAT	2	6	76161	76166	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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284	NC_008120	TTC	2	6	93671	93676	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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287	NC_008120	CTT	2	6	93855	93860	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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289	NC_008120	CGT	2	6	93892	93897	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
290	NC_008120	GCG	2	6	94058	94063	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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292	NC_008120	ATC	2	6	94399	94404	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
293	NC_008120	GCC	2	6	96446	96451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
294	NC_008120	TG	3	6	96454	96459	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.